Rok 2049. Když se smrtící látka určená pro biologickou válku vymkne kontrole, vědci se musí snažit zajistit přežití lidské rasy. Obracejí se ke své poslední možnosti, k plánu umístit zárodky geneticky upravených dětí do kokonů velkých robotů – budou se v nich vyvíjet, pak je porodí a nakonec je stroje budou vychovávat. Existuje však ještě jedna naděje na zachování lidského řádu: inteligence, naprogramovaná do těchto strojů, která každý z nich učiní jedinečným – Mateřský kód.

Kai se narodil v americkém pouštním Jihozápadu, jeho jediná společnice, robotická matka Ró-Z, je vybavena vědomostmi a motivacemi lidské matky. Ró-Z vychovává Kaie a učí ho, jak přežít. Ale jak děti jako Kai dospívají, jejich matky se také proměňují – způsobem, který nebyl nikdy předvídán. A když vládní přeživší rozhodnou, že Matky musí být zničeny, Kai stojí před volbou. Zlomí pouto, které sdílí s Ró-Z? Nebo bude bojovat za záchranu jediného rodiče, kterého kdy poznal?

V budoucnosti, která by mohla být naše vlastní, Mateřský kód zkoumá, co nás skutečně činí lidmi – a upozorňuje na chatrnou povahu hranic mezi námi a stroji, které vytváříme.